毛文龍被袁崇煥冤殺後，手下孔有德，耿仲明，尚可喜降清滅了明朝

毛文龍糧餉運輸路線圖

毛文龍多次向皇帝舉報負責給他運錢運糧的登萊巡撫剋扣糧餉。但貪腐是從中樞到基層常態化的事，為此天啟皇帝也無奈。朝廷派去東江鎮核對軍隊數量時，第一次認定毛文龍有軍隊6萬人，第二次就變成了3.6萬，第三次變成了2.8萬，於是文臣們以毛文龍上報自己有15萬士兵，實際只有2.8萬士兵為由，反誣毛文龍冒領軍餉。實際上，不管毛文龍士兵多少，朝廷只給了每年20萬兩，東江軍人均糧餉只有關寧軍的1/3甚至1/5，給的本身都不夠，何來冒領？

因此，不殺毛文龍，隨著他牽制後金的作用越來越大，皇帝勢必會更重視他，那顯然就會重視他不斷上奏的糧餉被剋扣問題，繼而其他人和關寧軍的巨大貪污顯然會被波及。更何況，魏忠賢本身就要借著清查東林黨率領的軍隊中剋扣軍餉的事，進行黨爭鬥爭，東江軍是個最好的切入點，東林黨文臣們怎麼敢把脖子放在魏忠賢的刀下？要不是後來天啟皇帝保了一把東林黨，魏忠賢就開刀了，驚嚇不輕的東林黨們自然要快點弄死毛文龍。

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文官集團的官場毛病

文臣管制武將，或文臣統軍，這才是默認正統，明朝文官們習慣了這種權力的分配和享受。而毛文龍以武將節制一鎮，孤懸海外，有尚方寶劍，直屬皇帝，打破了文臣們長期以來形成的權力平衡和心理平衡，這種現象如果不儘快制止，將來會有無數武將學習毛文龍，那文臣還有權力嗎？

魏忠賢曾讓皇帝把東江軍的軍餉增加到了一百萬兩銀子，還曾在戰事緊張時給東江軍緊急輸送過軍餉和糧草。因此文官們就說毛文龍依附閹黨。但毛文龍從始至終，既沒有在摺子里夸一句寫一句魏忠賢，也沒有給魏忠賢立過生祠，根本就與魏忠賢無瓜葛。

文臣們都是善於黨爭和投機之輩，有表現自己價值的機會要上，沒有機會創造機會也要上。因此文臣們對戰事戰局多有信誓旦旦胸有成竹的論斷。

比如薊遼總督閻鳴泰上疏認為從遼東戰爭的大局來看，毛文龍在皮島對後金最多不過是「虛撓背後」，離主戰場太遠，就好像住在鄉下，牽製作用不明顯，所以還是應該移鎮到蓋州，才是進城了。根據袁崇煥提出的原則，牽制就要靠近寧遠、三岔河，所以蓋州這個地方最好，不僅離寧遠近，方便照應，而且攻打後金也方便，可以「直刺」後金的「肋窩」。附近有個連雲島，可以為它提供支持。實際上，就是要能打的毛文龍來擋在自己面前，保護自己。

朝鮮太遠了，文官巡撫們無法節制，如果把東江鎮移到非常靠近遼西走廊的位置，那麼就很容易按照「以文制武」的老規矩，讓東江鎮歸遼東巡撫或者經略節制了。在這個問題上，東林黨和非東林黨文官們的意見完全一致。實際上但凡文官們看看地圖就知道，蓋州離後金更近，死的更快。而連雲島的海封凍時間更早。完全是外行話。

絕大多數文臣是否定毛文龍的游擊戰法的，他們不僅覺得毛文龍遠在海外，謊報戰鬥和斬獲，更是打仗時把軍隊拉出去放空炮而已，後金軍一來就跑，沒什麼用，反而是生意做得紅火。而且還和後金互通書信，顯然是要投敵自立。但其實毛文龍只不過是自保的同時，想多騙點後金使者來殺了拿人頭換獎金，補貼軍餉而已。反倒是袁崇煥和後金使者來往，甚至來了以後住下交流，這後來也是他被凌遲處死的罪名之一。