毛文龍被袁崇煥冤殺後，手下孔有德，耿仲明，尚可喜降清滅了明朝

關寧防線圖

儘管袁崇煥消極防禦，建設大小堡壘，把兵力都分散駐守，攻不出去也守不住，但多少都可以自圓其說。可毛文龍在東江鎮太優秀，以惡劣條件下大多都是以少勝多的戰績，對比之下，顯得關寧軍很廢物，進而顯得袁崇煥的花費，吹牛，都蒼白了起來。這讓袁崇煥內心惶恐，而打交道之後他發現，這個毛文龍不想上文臣體系的船，也不想上東林黨的船。那就是集體害蟲了。

於是袁崇煥利用職便剋扣東江鎮軍餉糧草，在後金進攻東江鎮時，以藉口拒不發兵救援。甚至還在東江鎮軍餉艱難的時候，眼饞好兵，派自己部下去誘兵跟他走。等等諸如此類的事情，毛文龍心知肚明，只不過礙於互為犄角，同是一線，需要團結，沒有直接戳破。

隨著戰事進展越發對明不利，西北東南起義燎原，袁崇煥也看到了明帝國的腐朽，開始和後金書信頻繁來往，態度曖昧。我們猜測，袁崇煥有了占據東江鎮，壯大自己勢力，以圖亂世本錢的想法。如果毛文龍死，東江鎮在當時的情況下，大機率是自己統領，進可以成為明帝國真正長城，退可以有個好本錢和後金討價還價。

1629年6月，袁崇煥約毛文龍雙島會晤商談糧餉，5日，突然逮捕毛文龍，宣布其十二當斬之罪，以尚方寶劍斬之。袁崇煥大分金銀安撫東江軍，把軍隊分為四協，安排自己的親信徐敷奏、劉興祚接管一半。

毛文龍死後，京師震動，東江軍潰散，再無牽制之力。半年後，後金軍長驅直入，繞過關寧防線，直逼北京城下。8個月後，袁崇煥被凌遲。15年後，明亡。

終明，清兩朝，毛文龍始終未被平反。