1981年轉任公職,擔任行政院經建會部門計劃處處長。
1990年升任經濟部常務次長,與時任部長蕭萬長、江丙坤共事,並以深厚的化工背景,
成為政府與企業界、學界溝通的重要橋樑,正是台灣「學、官、產」三棲的技術官僚的代表人物。
在經濟部次長任內,李樹久面對台灣產業外移與環保抗爭的艱難時刻,扮演了關鍵溝通的角色。