鄭成功去世之後,明鄭內部立即出現分裂,根據《福建通志•福建列傳•卷31》記載:(鄭襲)即矯成功遺命,數世子罪,奉襲為東都主。黃安不與謀,陽附之而密請經速治兵過台。
鄭成功的弟弟鄭襲早就想篡班奪權,他以鄭經「私通乳母,不堪為主」為由,自立為台灣之主。而鄭成功的部下黃安則不願與鄭襲同流合污,他佯裝附和鄭襲,私底下卻派人通知鄭經。
我上文說過,鄭經為人謙和、文武兼備,有乃父之風,金、廈等地的將士們都很愛戴鄭經。雖然鄭經私生活有問題,但在大多數人心目中,這只是「小節」。而在大義上,鄭經是鄭成功的嫡長子,又是延平王世子,他自然就是鄭成功的接班人。
此時,鄭經找到陳永華(陳近南),拜陳永華為諮議參軍。陳永華為鄭經獻策,他們在廈門為鄭成功發喪,爭取民心,然後重用周全斌、馮錫范等人,準備東渡台灣。
康熙元年十月初一,鄭經率軍攻台。鄭襲在台灣本來就立足未穩,再加上鄭經親自來攻,黃安等人為內應,鄭襲第一仗就敗了。接下來很多鄭成功的部下紛紛向鄭經投降,如此一來,這場戰爭很快結束。
此戰之後,鄭經順利入主台灣,襲承延平王爵位。他的叔叔鄭襲則被軟禁。
處理完鄭襲,為了穩固自己的權力,鄭經接下來把目光對準了鄭泰。當初,鄭泰接到鄭成功的命令,心軟沒有殺鄭經。鄭經本來對這位堂伯父略有好感,可是,鄭經入主台灣後,查到鄭泰曾和鄭襲多次通信,信中對自己頗多不滿。於是,鄭經決定除掉鄭泰。《清史稿》云:
二年,錦還思明。泰嘗與台灣諸將通書,錦得之,遂殺泰。泰弟鳴駿、賡,子纘緒亦走泉州降。
康熙二年,鄭經回到廈門思明,他設下鴻門宴,邀請鄭泰前來議事,結果一聲令下,鄭泰被埋伏的甲兵所殺。鄭泰的弟弟、兒子等人被迫逃到泉州,投降清朝。這樣一來,鄭經雖然鞏固了自己的權力,但自斷臂膀,實力也有所削減。